A Bojano vi era una forte presenza di cordatori di lana di cui San Biagio è patrono; egli però è anche protettore contro il mal di gola.

La chiesa è anche chiamata San Biagio della porta perchè situata vicino alla porta est della cinta muraria medioevale oppure San Biagio degli albericis che era l'antico patrono.

La chiesa ospita tre manifestazioni: il 3 febbraio viene praticata l'unzione alla gola dei fedeli; poi viene svolta la festa di Sant'Antonio e nell'ultima domenica di Giugno si svolge la processione del cuore di Gesù.

Nel 1573 la chiesa di San Biagio era incorporata nella parrocchia di San Bartolomeo da cui fu separata solo nel 1670 divenendo a sua volta parrocchia.

Subì dei leggeri danni a causa del terremoto del 1805.