L’origine di Bonefro non è del tutto chiara, grazie ad un documento dell’epoca si sa solo che il centro esisteva nel 1409.

Situato a mt. 631 s.l.m., dalla caratteristica forma urbana a terrazza, sembra essere il risultato del processo d’incastellamento altomedievale e della concentrazione delle popolazioni rurali in luogo fortificato.

Si ritiene che, in quanto al nome e all’origine, Bonefro abbia molto in comune con Venafro secondo una storia popolare alcuni venafrani, tornando da un pellegrinaggio a S. Michele, dovettero per cause di forza maggiore fermarsi al castello di “binifro”.
Non potendo tornare a casa decisero di accamparsi li dando al luogo un nome simile a quello della loro città d’origine.
Alcune tradizioni affermano che ai pellegrini furono rapite le consorti dai guardiani del castello, ma risulta essere questa, la leggenda del ratto delle venafrane, pura fantasia popolare.

L’origine del comune si rispecchierebbe anche nella similitudine dei vestiti tradizionali e dei cognomi simili tra le famiglie venafrane e bonefrane.

La feudalità (Boccapianola, De Guerris, De Corrado, De Guevara, Carafa, De Castellet, Mastrogiudice, Ceva-Grimaldi) e le liti fra Università, Chiesa e Signori per il possesso del territorio rurale hanno contraddistinto la vita, all’ombra del castello e della chiesa, nei secoli tra il XII e il XVIII.

Importanti sono i capitoli del 1647 ed il regime giuridico instaurato, dal civile al penale.

Bonefro ha avuto un ruolo di rilievo nel decennio francese ed è stata divisa dalle opposte fazioni dei rivoluzionari.
Un forte nucleo di bonefrani prese parte, insieme con gli albanesi, all’assedio di Casacalenda.
Lo stesso brigantaggio, nelle sue tre fasi 1810/1848/1861, ha trovato in paese terreno fertile provocando numerosi episodi di violenza e di repressione da parte della guardia nazionale.

Gli ultimi decenni del XIX sec. e i primi del XX hanno segnato un periodo di sviluppo economico, grazie alle iniziative produttive, d’ampliamento e ristrutturazione urbana, e, soprattutto di vivacità politica per effetto della diffusione dell’associazionismo contadino e dello scontro all’interno del notabilato locale per il controllo del municipio.

Per quanto riguarda lo sviluppo urbano sono da ricordare la costruzione del nuovo cimitero (1897), la sistemazione della piazza (1895), il primo acquedotto comunale (1906), la prima illuminazione a gas (1904) e elettrica (1910), l’asilo infantile (1915), l’orfanotrofio Maucieri (1928).

Leggendo antichi documenti di censimenti svolti nella cittadina, si nota che nel 1532 vi erano solo 167 abitanti e come tale numero rimarrà costante fino al 1669 quando se ne ebbero 144. Il vero incremento demografico arrivò in seguito.
Nel 1797 vi erano 3300 abitanti che aumentarono fino al massimo di 5395 nel 1911; oggi invece la popolazione si è dimezzata rispetto all’inizio del secolo colpa soprattutto dell’emigrazione e dei conflitti mondiali.