Le origini di Morrone sono molto remote, lo testimoniano resti di cinta murarie, ma anche lapidi e monete rinvenute nel territorio limitrofo. In ogni modo non sembra attendibile l’ipotesi d’alcuni studiosi, che attribuiscono la fondazione del paese ai profughi di Gerione dopo l’arrivo d’Annibale.
Oltre alla fondazione, è ignota anche l’origine del nome attuale; si sa che non ha subito sostanziali modifiche passando da “Marono” a “Murrone”. In ogni modo, se ci si attiene alla “Cronaca Cassinese” del X secolo, si scopre che il borgo era chiamato “Civitas”. Quindi la prima testimonianza scritta dell’esistenza di Morrone è del 1022.
Il nome attuale è, invece, molto più recente; infatti, il 22 gennaio del 1863, per differenziare Morrone da Castelmorrone, un paese vicino Caserta, si è aggiunto l’appellativo “del Sannio”.

Intraprendendo un discorso sulla storia vera e propria del borgo, si deve dire che non si hanno notizie certe se non per epoche successive al XIII secolo.
Non si sa, quindi, se, durante la dominazione longobarda, Morrone appartenesse alla contea di Montagano o a quella di Larino.
Al tempo dei normanni Morrone fu feudo di Giuliano di Castropignano per poi divenire di un certo Oderisio.
Successivamente, durante il regno di Carlo I d’Angiò, e precisamente nel 1273, Morrone fu concesso in feudo a Roberto de Cusenza, cui successe il figlio Enrico.
Quest’ultimo ottenne anche il feudo di Castiglione, perso insieme al borgo molisano nel 1309.
In questa data l’acquirente di Morrone fu Andrea d’Isernia e appartenne alla sua famiglia fino al 1330, quando Andrea d’Isernia juniore (figlio di Roberto primogenito d’Andrea) permutò il paese con Longano (provincia d’Isernia) dopo una trattativa con Francesca Capuano moglie di Filippo di Luparia.
Il paese, però, restò a questo casato per poco, passò, infatti, i restanti anni del secolo sotto la signoria dei Cantelmo.
Per quanto riguarda il XV secolo, invece, Morrone lo trascorse sotto il dominio dei Santangelo almeno fino al 1424.
Poi non si hanno notizie del paese per vent’anni fino al 1444.
In questa data, all’avvento della dominazione aragonese, Morrone e castiglione passarono in feudo a Paolo del Sangro. Quest’ultimo, come uno tra i maggiori combattenti del periodo, partecipò nel 1452 all’impresa del duca di Calabria contro fiorentini e veneziani perdendo la vita nel 1455.
Carlo di Sangro fu suo successore per Morrone, anch’esso ebbe una vita movimentata e alla sua morte gli successe Bernardino di Sangro, ma questi si schierò in favore di Carlo VIII quando scese in Italia, così, sconfitto Carlo, gli furono confiscati tutti i possedimenti.
Morrone venne, quindi, affidato a Ferrante Consalvo d’Aghilar, costui fu elogiato addirittura da Guicciardini ed era alleato agli aragonesi.
Gli successe nel 1496 il fratello Federico, essendo morto il suo unico figlio.
In ogni modo, dopo alcuni anni, Morrone tornò in mano alla famiglia dei Sangro dove rimase fino al 1551, in questa data Gianfrancesco di Sangro alienò il feudo in favore di Francesco Molignano.
Costui, dopo appena un anno, rivendette il paese a Giovanni d’Aierbo già possessore di Provvidenti.
Nel 1565 dai d’Aierbo Morrone passò in dominio di Diana della Tolfa, ma costei rivendette Morrone, assieme a Castiglione, alla famiglia Carafa che lo tenne fino al 1590.
Dopo tre anni i due paesi cambiarono nuovamente feudatario divenendo di Ferrante Caracciolo duca d’Ariola cui rimasero per sette anni fino al 1600.
Acquirente in tale anno fu Giovannantonio Ceva Grimaldi, duca di Telese (in provincia di Benevento).
Morrone rimase in mano sua fino al 1614 quando fu venduto ad Antonio di Sangro duca di Casacalenda cui rimase fino alla fine della feudalità nel 1805.
Per conoscere la storia di Morrone fino al suddetto anno basta riferirsi alle notizie storiche di Casacalenda.

Nel 1809 è nato ufficialmente il comune di Morrone, il suo primo sindaco fu Domenico Di Iorio.