Come gran parte dei comuni che portano nomi di santi anche San Giuliano forse ha preso il proprio nome da una cappella dedicata al medesimo, la quale, forse in seguito a pellegrinaggi, diede origine ad un centro abitato.
Grazie alla Cronaca Cassinese del monastero di Eustachio, sappiamo che il centro esisteva già nella prima metà dell’XI secolo.
Questo centro per differenziarsi da San Giuliano Sepino (ora San Giuliano del Sannio), aggiunse nell’ottocento l’appellativo “di Puglia”, ciò oggi è comunque errato visto che il paese è a tutti gli effetti molisano.
Durante la dominazione longobarda, San Giuliano appartenne al ducato di Benevento, ciò è testimoniato da alcuni documenti risalenti addirittura al 976, ma anche da una pergamena dell’XI secolo in cui il conte Adelferio dichiara che il monastero di S. Eustachio è costruito sul territorio di S. Giuliano. Successivamente, nell’epoca della dominazione normanna, il paese assunse classiche sfumature feudali cambiando di tanto intanto intestatario.
Il primo di questi fu Trasmondo di Montaldo, probabilmente un cavaliere proveniente da Capua e feudatario del conte di Loritello.
Molto incerte sono, invece, le vicende che caratterizzarono il paese nell’epoca sveva, non si hanno documenti o altre testimonianze che provino il casato allora vigente.
Bisogna quindi passare al periodo angioino per sapere che, nel 1306, San Giuliano era sotto il dominio di Guidone da Molino.
Dopo questo fu la volta della famiglia Sanfromondo che dominò per trentuno anni e precisamente dal 1352 al 1383.
Proprio in quest’ultima data, il paese passò sotto la contea di Montagano ove restò fino al 1495.
Da allora San Giuliano fu concesso in feudo ad Andrea di Capua duca di Termoli, questi non lo lasciò al figlio Ferrante, almeno non risulta nei documenti e nel 1512 non si conosce alcun feudatario possedente quest’agro.
In ogni modo si suppone che San Giuliano sia rimasto in mano ai Capua fino al XVII secolo, quando Francesco di Capua del Balzo vendette il feudo alla marchesa Isabella Sanseverino.
Di costei sappiamo che era ancora in vita nel 1659, ma si sa anche che il feudo fu retto da un certo Berardino dal 1614 al 1636.
Alla morte di quest’ultimo gli successe il figlio Diego, cavaliere dell’ordine di S. Giacomo, che si ricorda poiché prese parte alla sommossa di Masaniello nel 1647 a Napoli.
Alla sua morte San Giuliano andò in mano ai duchi Laurito della famiglia Orefice. Quest’ultima era una famiglia di Sorrento e un suo esponente, Luigi Orefice, ebbe una figlia che andò in sposa a Ferdinando Monforte cui fu dato in dote S. Giuliano.
Così nel 1716 il loro figlio Domenico Monforte assunse il titolo di marchese di San Giuliano.
Nel 1718 Bartolomeo Rota, marchese di Colletorto, comprò il paese per quasi 25000 ducati e così San Giuliano intrecciò la sua storia con il paese limitrofo.