Circa le origini ed il motivo del nome di questo Comune non ci sono notizie; l’unica cosa certa è che l’aggiunta “d’Isernia” è di antica assegnazione e si è resa necessaria per distinguere il Comune da Acquaviva Collecroce.
Acquaviva appartenne all’abbazia di San Vincenzo al Volturno fino al 1064; in quello stesso anno l’abate si recò presso il pontefice Alessandro II perché gli facesse giustizia contro l’usurpatore che era in possesso di Acquaviva.
Il pontefice, però, gli rese ragione solo per alcune altre terre, ignorando il problema di Acquaviva. Il nome di quest’usurpatore non è presente nella cronaca volturnense, e di Acquaviva non si hanno ulteriori notizie fino all’epoca angioina.
Nel 1269, Carlo I d’Angiò la concesse a Filippo d’Angosa, e, per mancanza di eredi alla morte di costui, a Matteo di Rossiaco.
Ambedue erano cavalieri francesi venuti al seguito del reame al tempo della conquista. Nel 1317 il paese divenne possedimento di Iacovella di Ceccano, che Roberto d’Isernia aveva sposato in seconde nozze. Successivamente, tra il 1345 ed il 1350, i territori di Acquaviva furono assegnati dalla regina Giovanna I a Iacopo Cantelmo, Conte di Popoli.
Nella seconda metà del XVII secolo Acquaviva fu acquistata da Andrea Carmignano, della cui discendenza il paese rimase feudo sino alla scomparsa della feudalità.
La famiglia Carmignano aveva acquistato crescente notorietà nel periodo aragonese, conquistando grossa fama nelle pubbliche magistrature. Aveva posto in Napoli nel seggio di Montagna ed usava per emblema un leone rampante. Il Comune di Acquaviva d’Isernia è appartenuto sempre alla regione Molise.
Nel 1807 fu assegnato al Distretto d’Isernia e dal governo di Rionero. Con la riforma del 1811, il paese restò assegnato al medesimo Distretto (ora Circondario) al quale tuttora aderisce.