Il nome Capracotta è certamente originale, studi, più o meno seri, ci possono spiegare l’etimologia ed il significato del nome: la leggenda narra che alcuni zingari, avendo deciso di fondare una cittadina, per compiere un rito in uso presso di loro, bruciarono una capra, che riuscita a fuggire dal rogo si rifugiò sui monti, ove stremata di forze, esalò l’ultimo respiro.
Gli zingari costruirono, dove essa si era fermata, il paese.
Lo stemma civico, raffigura proprio una capra che fugge da una pira, e fa pensare anche alla prova del fuoco in uso presso i longobardi che avrebbero quindi fondato la cittadina.
In un altro studio si dice che il nome derivi dal latino “castra cocta”, ossia un accampamento militare protetto da un “agger coctus”, un muro di cinta fatto di mattoni. Non è da escludere, infatti, che un distaccamento romano fosse di stanza in queste alture, per utilizzare le possibilità strategiche di una località che domina la valle del Sangro.
Le origini di questo Comune, il più alto dell’antico Regno delle due Sicilie, ha avuto origine non prima dell’epoca normanna. Capracotta, com’è riportato nei registri angioini, è un nome che deve avere attinenza e derivazione da leggende o vicende inerenti alla vita pastorale dei tempi longobardi.
Il paese di Capracotta fu, al tempo dei normanni, di proprietà dei Borrello, Conti di Agnone. Il periodo svevo è del tutto oscuro riguardo le vicende del paese, ma non è così per l’epoca angioina: è noto, infatti, che Capracotta nel 1269 fu concesso a Francesco della Posta, il quale morì nel 1276 ed ebbe per successore il figlio Gentile.
Nel 1281 il feudo di Capracotta era in possesso di Andrea Carafa, signore di Forlì, il cui nipote lo vendette nel 1443 al duca di Castropignano.
Il paese fu soggetto alla famiglia d’Evoli, ducale di Castropignano, per oltre un secolo e mezzo. Anteriormente al 1614, però, Capracotta era feudo della famiglia Cantelmo, alla quale era stato conferito il titolo ducale sul luogo.
Dai Cantelmo il feudo passò nelle mani della famiglia Piscicelli attorno al 1670. Nella prima metà del XVIII secolo il paese di Capracotta tornò nuovamente a far parte dei feudi della casata ducale di Castropignano, che però lo detenne per poco tempo, visto che già nella seconda metà dello stesso secolo i Caracciolo compaiono come titolari del feudo.
Fino al 1778, data in cui il paese di Capracotta cadde sotto il dominio di Antonio Capece Piscicelli, appartenne alla medesima famiglia. La famiglia Piscicelli detenne il feudo fino alla fine del secolo, godendo del titolo ducale sul luogo.
Ultima famiglia titolare del feudo fu la famiglia De Riso, baronale di Carpinone.

Capracotta è stato sempre un Comune molisano sin dalle sue origini e nel 1807 fu compreso nel Distretto d’Isernia e nel Governo di Vastogirardi. Nel 1811 il paese fu elevato a capoluogo di Circondario avente nella propria circoscrizione Vastogirardi, Pescopennataro, S. Angelo del Pesco e Castel del Giudice.
Nel 1816 si distaccò il paese di Vastogirardi e si aggregò quello di San Pietro Avellana.