Da alcuni documenti risalenti al 964 il paese viene menzionato con il nome di “Maccla de Godino”, mentre nel XIII secolo comparve il nome “Maccla Godina”.
A partire dal XVI secolo il paese presenta l’attuale denominazione.
Di Macchiagodena, dopo una notizia dell’anno 964 ed un’altra del 1003 relative alla concessione della Chiesa di S. Apollinare ad essa pertinente, non si conosce alcun dato nei periodi normanno e svevo.
La prima notizia certa circa il paese risale al 1269, data in cui il feudo venne assegnato da Carlo I d’Angiò a Barrasio di Barrasio, famoso cavaliere francese. Sul finire del XVI secolo Macchiagodena apparteneva già da qualche tempo alla famiglia Cantelmo, che ne detenne il feudo per quasi tutto il secolo successivo.
I Cantelmo ebbero come successori feudali i Pandone, i quali detennero il feudo dal 1443 sino al primo ventennio del ‘500. Infatti, non anteriormente al 1520 il paese era nelle mani di Enrico Mormile della casa ducale di Castelpagano.
Dopo pochi anni di signoria, i Mormile alienarono il feudo in favore della famiglia Gaetani, i quali vendettero il feudo nel 1537 a Diana Scalera.
Dalle mani di costei il feudo passò in quelle di Fabio Cicinelli.
Dopo qualche anno di signoria Fabio Cicinelli cedette il feudo a Camilla Sanfromondo, la quale a sua volta lo vendette a Giacomo del Tufo.
Nel 1575 il paese di Macchiagodena fu venduto da Giacomo del Tufo alla famiglia De Angelis, i cui rappresentanti erano baroni di Castelpetroso.
All’inizio del XVII secolo il feudo di Macchiagodena fu venduto dai De Angelis alla famiglia Piscitelli che lo governò fino al 1615.
Nel 1618, difatti, troviamo titolare del feudo Pasquale Caracciolo, la cui discendenza conservò la signoria di Macchiagodena per oltre un secolo e mezzo. Nel 1781 i creditori della famiglia Caracciolo misero in vendita il paese che fu comperato da Nicola Centomani.
Macchiagodena, vecchia terra molisana, nel 1799 venne assegnata al Dipartimento del Sangro ed al Cantone di Baranello, ma nel 1807 venne compresa nel Distretto d’Isernia e nel governo di Castelpetroso.
Per la riforma dell’11 Maggio 1815 che eliminò le sede di Governo da Castelpetroso, Macchiagodena passò a far parte del Circondario di Cantalupo del Sannio.