Le radici di Bojano, affondano nel tempo ma molto spesso gli storici hanno eseguito una distorsione dei fatti che non sempre facilita la ricostruzione storica delle origini e dello sviluppo di questa città.
Gli storici hanno offuscato a volte lo splendore della città di Bovianum per esaltare la gloria, non sempre meritata, dei Romani. La luce che splende quindi su di essa è spesso velata dall’esaltazione della grandezza di Roma. Anche quando i Romani celebrano la potenza di Bojano è solo per sottolinearne la piccolezza in confronto alla mitica Roma, che alla fine è riuscita a prevalere su di essa.

Il nome di Bovianum comunque compare in molti scritti storici siano essi greci o latini e certo è che Bojano è stata la capitale dei Pentri, tribù e ossatura dei Sanniti.
Rileggendo la storia dei Sanniti allora si ricostruisce anche la storia di Boiano e viceversa.

Fondata intorno al IV secolo a.C., nell’antichità fu Bovianum, capitale del popolo dei Pentri. La denominazione del paese trae origine, come vuole una leggenda dei Sanniti, dal rito del “Ver Sacrum” (Primavera Sacra); infatti, il popolo italico consacrava i nati nel suddetto periodo a Marte: questi, una volta cresciuti, erano guidati da un bue verso nuove terre da abitare; la leggenda vuole che il bue si fermò dove ora c’è l’attuale Bojano e per questo il centro fu nominato Bovianum a testimonianza di ciò lo stemma della città vede raffigurato in esso un bue.

Sotto il dominio dei Romani, la città fu un municipio e probabilmente divenne una colonia tra il 43 ed il 41 a.C..
Dopo, la caduta dell’Impero Romano attraversò un periodo di crisi che raggiunse il suo culmine nel VII secolo.
Nel IX secolo, in epoca longobarda fu un castaldato, capitale di contea.
Nell’anno 853 fu danneggiata da un terremoto e così la popolazione si trasferì a Civita, fatto che è testimoniato dalla presenza di alcuni ruderi.
Altri disastrosi terremoti colpirono Bojano nei secoli XIV e XV, l’ultimo nel 1805.
Sotto i Normanni, divenne il loro punto di partenza per la conquista del Molise, proprio sotto la dominazione Normanna Bojano fu teatro di importanti eventi bellici il più strepitoso è quello che vide protagonista il conte di Molise, Tommaso da Celano che non volendosi piegare al potere di Federico II di Svevia concentrò la sua difesa militare tra i castelli di Bojano e della vicina Roccamandolfi. Oggi restano visibili i ruderi delle mura esterne e alcuni ambienti interni riportati alla luce da recenti scavi archeologici.
Nel periodo angioino la cittadina era un feudo, che fu però acquistato nel 1269 dal cavaliere francese Ruzzolino di Mandastre, alla cui morte Bojano ritornò ad essere feudo.
Nel 1451 apparteneva alla famiglia dei fratelli Sanframondo ed in seguito divenne proprietà dei Pandone, allora conti di Venafro.
Nel 1528, in seguito alla ribellione dei Pandone verso l’Impero, fu devoluto alla Regia Corte.
Nei periodi seguenti appartenne alle famiglie Sanchez, Di Lanoy, Carafa, Filomarino, che ne furono gli ultimi titolari.
Ricordiamo anche l’insurrezione fatta nel 1799 dagli animosi cittadini bojanesi contro l’occupazione dei francesi.

In molti si saranno chiesti se è corretto scrivere Boiano o Bojano. I documenti risalenti al secolo XIII, XIV, XV e seguenti, compresi quelli esistenti presso l’archivio storico della città del Vaticano, riportano il nome di Boiano con la i normale. Dal secolo XVIII sono stati rinvenuti parecchi documenti, (non tutti) soprattutto ecclesiali, dove Bojano è scritta con la j.
Attualmente tutte le carte intestate del Comune recano la scritta con la "j", mentre i documenti della magistratura, degli uffici pubblici e tutti gli atti pubblici recano invece la scritta di Boiano con la "i".
Manca, quindi una decisione ufficiale in merito.