Come tutti i comuni che si rifanno a nomi di santi, anche Sant’Elia probabilmente deve la sua etimologia ad un antico monastero o ad un’antica cappella.
Inoltre bisogna dire che l’attuale collocazione geografica deve essere fatta risalire al XIII secolo quando gli abitanti lasciarono l’antica ubicazione per spostarsi nell’attuale.
Nel 1863 venne poi aggiunto l’appellativo “a Pianisi”per distinguere il comune da omonimi sparsi per l’Italia.
La notizia più antica che si ha del paese risale al XIV secolo e precisamente al 1306 quando l’agro apparteneva a Floresia de’ Trinci già feudataria di Trivento. Del secolo successivo non si hanno documenti attendibili; ma nonostante ciò si sa che dal 1405 al 1485 a S. Elia vigeva la famiglia dei Boccapianola.
Da quel momento fino al 1556, invece, il borgo fu controllato dalla stirpe dei di Capua.
Nel 1556 Fabrizio di Capua vendette il paese a Felice de Gennaro, già possessore di Guardiaregia.
Nel 1565 Felice de Gennaro vendette il feudo a Antonio Brancia che era marchese a Larino, il cui figlio Gianvincenzo, nel 1610, diede Sant’Elia a Marcantonio di Palma.
Questa famiglia possedette il borgo, fino alla fine della feudalità, insieme al feudo di Monacilioni. Morto Marcantonio nel 1615, successe il figlio primogenito Ferrante che ottenne il titolo marchesale sul feudo di Monacilioni.
Il terzo discendente fu chiamato nuovamente Marcantonio e visse fino al 1670 quando acquistò il borgo Francesco.
Quest’ultimo governò poco e fu succeduto da Marcantonio, marito di Vittoria Capano, di cui si conserva un ricamo nella chiesa parrocchiale.
Successe, quindi, Francesco Brancia che, nel 1708, ebbe la scomunica dall’arcivescovo di Benevento poiché sfruttava per se i beni delle chiese santeliane.
Francesco era ancora vivo nel 1744 quando lasciò il feudo a Giuseppe; quest’ultimo è rimasto famoso per alcuni atti pubblici e donazioni fatte tra il 1753 e il 1760.
Infine l’ultima erede fu Maria vittoria che, dopo aver sposato nel 1795 un Caracciolo, morì intorno al 1806.