La chiesa fu edificata un onore di Sant' Emidio, protettore dei pericolanti, dagli abitanti delle civitelle che vedendosi crollato il loro paese, a causa di un terremoto, decisero di utilizzare questa come rifugio.
Con gli anni poi eressero il loro nuovo paese fino alla punta meridionale dell'attuale Agnone. Alla chiesa nel 1443 fu aggiunta una seconda parte in stile gotico da parte di alcuni mercanti ascolani che si recavano ad Agnone per commerciare tessuti. il portale di stile gotico è il prodotto artistico di scalpelli agnonesi.
All'interno è possibile osservare sia l'altare in legno dedicato a Gesù, ricco di finissimi intagli, che la cena degli apostoli costituita da tredici statue in legno pregiato.
Adiacente alla chiesa, all'interno di locali il dott. Marinelli ha creato una biblioteca all'interno della quale è stata conservata una riproduzione della tavola osca nonchè antiche pergamene.