Il nome di questo paese trae origine dal fatto che in epoca precedente alla sua fondazione esisteva un feudo chiamato “Civitavecchia” o “Civitavetula” (ora Duronia) situato poco distante da esso.
Per indicare la più recente fondazione del feudo rispetto a Civitavecchia, il paese fu chiamato “Civitanova” e inoltre si rese indispensabile l’aggiunta della qualifica “del Sannio” per distinguere il paese da Civitanova Marche, in provincia di Macerata.
La più antica testimonianza in possesso degli storici riguardo a questo paese risale al 1002, allorché il conte Berardo d’Isernia e sua moglie Gemma vollero edificare a Civitanova un monastero dedicato a S. Benedetto.
Attorno al 1280 il feudo di Civitanova del Sannio era in possesso di Pietro Rodoico.
Dal Rodoico, o dalla sua discendenza, il feudo passò nelle mani di Burlesca Roccafoglia, vedova di Andrea d’Isernia.
La vedova nel 1321 istituì erede del paese suo figlio Landolfo, il quale morì quattro anni più tardi.
Attorno al 1330 il paese era frazionato in due parti: la più grande era in possesso degli eredi di Landolfo d’Isernia, mentre la parte più piccola era detenuta da Angelo Santangelo.
Nel 1360 il territorio di Civitanova del Sannio fu unificato da Giovanni d’Evoli con l’assenso della regina Giovanna.
La signoria della famiglia d’Evoli in Civitanova durò fino al 1443, anno in cui ci fu l’avvento della monarchia aragonese.
Il paese fu sottratto ai d’Evoli da parte del re Alfonso e fu affidato a Paolo di Sangro.
Morto Paolo di Sangro nel 1445, Civitanova ritornò terra imperiale e fu affidata nuovamente alla famiglia d’Evoli, che ne detenne il feudo fino al 1603.
In questa data il feudo fu ereditato da Ferdinando Carracciolo, nipote di Aurelia d’Evoli, da cui passò alla sorella Isabella sposata con un membro della casa dei Carracciolo Santobuono.
Il vedovo di Aurelia d’Evoli, Giambattista, nel 1606 riottenne il possesso del paese di seguito ad una forte lite con Isabella.
Nel 1626 i creditori di Giambattista d’Evoli ottennero il consenso di mettere in vendita il feudo, che fu acquistato da Giovanni Geronimo d’Alessandro duca di Pesacolanciano.
Da tale data fino alla scomparsa del sistema feudale il paese di Civitanova del Sannio ebbe come titolari i rappresentanti della casata di Pescolanciano. Civitanova è appartenuta al Contado del Molise fin dalle sue origini.
Nel 1799 fece parte del Dipartimento del Sangro e del Cantone di Agnone, ma nel 1807 il paese fu assegnato al Distretto d’Isernia ed al Governo di Frosolone. Il Comune di Civitanova possedeva anche una frazione, Chiauci, che però nel 1811 divenne Comune autonomo.